Во первых вы можете создать загружаемую Live-версию Linux на своем флеш-носителе. При этом важно то, что вы получите свою операционную систему. Например в системе Ubuntu 8.10 это можно сделать следующим образом:

1. Загружаетесь с Live-CD Ubuntu 8.10
2. Вставляете в USB разъем флеш-накопитель объемом не менее 1 Гб (лучше конечно больше)
3. Идете в меню "System-Администрирование-Create USB sturtup disk".

Далее все должно быть понятно. Важно, что при создании такого диска вы можете использовать не весь диск, а зарезервировать (это делается движками в окне утилиты) некоторое место на флеш-носителе для использования в качестве обычной флешки, тем самым получив флеш-накопитель двойного назначения - загружаемую ОС и обычный накопитель для переноски файлов.
После создания флеш-Live носителя рекомендую создать 2 дополнительные учетные записи, одну с правами администрирования, а вторую без них, для работы, когда это придется делать. После, для того, что бы при старте системы вы получали меню входа в систему под определенным именем, войдите в меню "System-Администрирование-Окно входа в систему" (вход нужно делать из под учетной записи с правами администрирования), перейдите на вкладку Security и снимите флажки с пунктов "Enable Automatic Login" и "Enable Temed Login".

В принципе систему можно и поставить на флеш-носитель так же как и на жесткий диск, при этом система приобрете все атрибуты установленной системы (например вы сможете использовать любую файловую систему, получите полную русификацию и т.п) но в этом случае вам понадобиться флеш-носитель большего размера, к тому же неизвестно, как себя поведет такой дистрибутив на любой другой машине, поэтому рекомендую сделать простой загружаемый Live-носитель.
После создания такого устройства вы получите немало удобств, а именно:

1. Малый размер, устройство можно будет взять с собой или носить его практически постоянно, чего нельзя позволить себе имея CD-Live носитель
2. Вы будете иметь постоянно при себе не только загружаемый дистрибутив, но и свою собственную учетную запись, а значит и уже настроенную почтовую программу, jabber-клиент и ICQ, браузер с закладками, документы и даже любимую музыку. Вы так же сможете установить в вашу карманную ОС необходимые вам программы, которых не было на CD-Live носителе.

Если вы при создании Live-версии оставите место для использования накопителя как привычного флеш-устройства, то после создайте на носителе (при его подключении к системе как обычного накопителя) папку, в которую сможете записывать файлы, во избежании путаницы места их расположения, так как на носителе будут присутствовать различные системные каталоги и файлы.