Теперь можно приступать к делу. Переходим в каталог с вашим *.ape файлом и командуем:
$ cuebreakpoints sample.cue | shnsplit -o flac sample.ape
где sample.cue и sample.ape соответственно ваши файлики с инфой и музыкой

Этой командой мы разбиваем наш sample.ape на треки во flac. Если все прошло хорошо то в текущем каталоге должны появится файлы с незамысловатыми названиями типо split-track*.flac и они должны воспроизводится.

Осталось заполнить теги. Если вы скачали это все с торентов то даю 90% что sample.cue у вас в ненужной CP1251 кодировке(это в том случае если там русские буквы присутствуют), поэтому предварительно мы его перекодируем:
$ iconv --from-code=CP1251 --to-code=UTF-8 --output=myutf8.cue sample.sue
после чего можно заполнять теги:
$ cuetag myutf8.cue split-track*.flac

Вот теперь у нас имеются кучка треков с заполнеными тегами и с неинформативным названием, которое мы щас будем исправлять.
Идем в консоль и ставим
# apt-get install lltag
И, находясь в каталоге с нашими нарезаными музыкальными треками, запускаем следующее
lltag --rename '%a/%A/%n - %t' *.flac --yes

данная команда создаст каталог с названием исполнителя, в нем создаст каталог с названием альбома и уже в него переместит все наши треки с именем в формате номер «трека — название песни».
Что то типа этого:
$ tree Sadao Watanabe

Sadao Watanabe
`-- Jazz Samba
|-- 01 - Samba de Orphee.flac
|-- 02 - It Might As Well Be Spring.flac
|-- 03 - The Water Melon Man.flac
|-- 04 - Frevo.flac
|-- 05 - Lobo Bobo.flac
|-- 06 - She Loves You.flac
|-- 07 - Four Leaf Clover.flac
|-- 08 - Surf Board.flac
|-- 09 - Sunny.flac
|-- 10 - Spring Samba.flac
|-- 11 - Fried Bananas.flac
`-- 12 - Berimbau.flac

Вот пожалуй и всё.